В течение 1,5 миллиардов лет митохондриальный и ядерный геномы постоянно эволюционировали. За это время митохондриальный геном уменьшился, сохранив только 37 генов у большинства видов животных, и стал зависимым от ядерного генома для выполнения основной функции органеллы - вырабатывать АТФ путем окислительного фосфорилирования.