Патогены могут идти разными путями, чтобы пройти через гематоэнцефалический барьер (ГЭБ) и повредить клетки, вирусы могут проникать в организм через нос и рот и перемещаться в мозг через обонятельные луковицы, дальнейшим этапом проникновения является пересечение гематоэнцефалического барьера путем инфицирования моноцитов или активации цитокинов; и наконец, попав внутрь мозга, вирус направленно атакует нейроны, или, действует на микроглию таким образом, что она начинает уничтожать собственные клетки.